Ogólnie dziedziczenie koloru warunkowane jest przez geny z 10 Locci. Najprawdopodobniej w samojedach występują allele w locus C i S i to one warunkują, jaką maść uzyska pies. Geny w locus C odpowiadają za wydzielanie melaniny we włosie, natomiast te w locus S za występowanie białych łat.
U samojedów, bez względu na to czy są biszkoptowe czy białe, nie ma alleli najbardziej dominujących z pośród alleli z tej grupy czyli zwykłych alleli C. Odpowiadają one za pełną intensywność wydzielanego barwnika. W tym locus występują u samojedów jedynie allele Cch oraz Ce. Cch jest dominujący względem Ce.
Cch jest to allel wpływający na rozjaśnienie koloru występującego we włosie czyli za blokowanie feomelaniny. Występuje on w parze alleli w przypadku psów całkiem biszkoptowych, biało biszkoptowych i kremowych.
W przypadku psów biszkoptowych spotykają się w jednym loci dwa allele Cch. Wygląda to następująco CchCch. To, jak ostatecznie będzie wyglądał pies biszkoptowy, w dużej mierze zależy od genów z locus S i najprawdopodobniej innych genów (nie poznanych do teraz), jak też indywidualne właściwości osobnika. Taki pies może być jednolicie biszkoptowy lub też może mieć przejaśnienia (jakby kolor się wypłukiwał) na podbrzuszu, okolicy pyska, na zgięciach łap, w pachwinie, u nasady ogona czy szyi. Trzeba zaznaczyć, że rozjaśnienia te mogą wyglądać nawet na białe, ale jedynie fenotypowo. Genotypowo to nadal będzie pies biszkoptowy. Taki pies w zależności od dobranego partnera swojemu potomstwu będzie przekazywał tylko allel Cch czyli może dawać psy biało biszkoptowe i kremowe. Oczywiście cały czas rozpatrujemy to w kwestii genetyki, bo może się zdarzyć że po takim psie urodzi się genetyczny biszkopt o prawie białym umaszczeniu albo pies łaciaty o takim zasięgu łat, że biszkopt będzie niedostrzegalny.
Ce jest to gen bardzo typowy własnie dla samojedów. Odpowiada on za ograniczenie wydzielania melaniny bez wpływu na pigment nosa, oczu, opuszek łap czy pazurów.
W przypadku psów kremowych w parze ustawiają się allele CchCe czyli pies będzie dziedziczył biszkoptowe umaszczenie (bo allel Cch jest dominujący) ale produkcja melaniny we włosie będzie ograniczona. Taki pies w zależności od doboru partnera może dać szczenięta genotypowo biszkoptowe, kremowe lub białe.
Psy białe są homozygotami CeCe, czyli nie posiadają genu biszkoptowego umaszczenia, ale - co ciekawe - pies genetycznie biały wcale nie musi być czysto biały, gdyż gen Ce nie hamuje całkowitego wydzielania melaniny a jedynie go ogranicza. Psy białe w zależności od doboru partnera mogą dawać psy genetycznie kremowe lub białe.
W przypadku psów biało biszkoptowych mogą występować dwie kombinacje w locus C: CchCch lub CchCe, a zasięg łaciatości warunkowany będzie dopiero przez allele w locus S.
U samojedów w locus S występują dwa rodzaje alleli dominujący S (czyli brak łaciatości) lub Sw czyli występowanie dużych łat.
W zależności od tego jakie allele ustawiają się w pary w locus S i wcześniej opisanym C taki będzie wygląd psa. W przypadku biszkoptów (CchCch) może występować w locus S albo dwa allele S i wtedy pies nie wykazuje białych plam (ale rozjaśnienia jak najbardziej tak a przypomnę, że gen Cch może rozjaśniać kolor włosa nawet do białego) lub SSw i w takim przypadku łaty mogą występować lub nie (np. strzałka a nosie, biała kryza, krawatka). Osobnik biszkoptowy SSw z biała suką może dać fenotypowo białego psa, genotypowo jednak będzie on nadal biszkoptowy lub biało biszkoptowy.
Identycznie rzecz się ma w przypadku psów kremowych.
Największa różnorodność w konfiguracji genów występuję w przypadku psów białych CeCe - taki pies może być SS, SSw albo SwSw. SS czyli może nie posiadać wcale łat a kolor jego sierści będzie uwarunkowany tylko tym, w jakim stopniu hamowane jest wydzielanie melaniny. Czasem taki pies może do złudzenia przypominać psa biszkoptowego, mimo iż nie posiada w swoim genotypie genu odpowiedzialnego za biszkoptowe umaszczenie. Osobnik SSw może łat nie posiadać, jednak potomstwu może przekazywać gen łaciatości. Natomiast Sw sam jest łaciaty i allel łaciatości będzie przenosił na potomstwo.
Psy biało biszkoptowe zawsze będą posiadały w locus S parę SwSw, więc same będą łaciate i taki też allel będą przekazywały potomstwu. Ostateczne o umaszczeniu szczeniąt decydować będzie drugi allel pochodzący od partnera.
Jak widać powyżej bardzo ciężko jest ustalić jakiej maści mamy samojeda patrząc jedynie na jego maść. Trudno również mówić o wykonaniu testów genetycznych własnego psa, ponieważ nie są one prowadzone na szeroką skalę. Możemy jednak mądrze wybierać partnerów i oceniać potomstwo, gdyż to właśnie na jego podstawie możemy wywnioskować, jakie geny tkwią w naszym psie. Pomocne może okazać się również ocenienie rodziców i dziadków oraz ich rodzeństwo.